故事发生在科学技术高度发展的未来，由于先前爆发的战争而导致科技崩坏的世界。在有着“通往天国之街”之称的Mardock Scramble街上，住着故事的主人公游艺机店老板兼赌博师同时也是妓女SHELL的情人巴洛特。
过于残酷的生活经历让巴洛特心扉紧闭，在身陷情妇SHELL设下的陷阱中险些丧命，幸好被正在执行任务的长官Doctor和Mouse万能行兵器Ufucock所救，之后巴洛特就被赋予使用被禁止的科技的权利。按照紧急法令Mardock Scramble09规定，救助你生命的同时也会给予你强大的电子干涉能力，随后巴洛特就开始了寻找Doctor一行及追捕SHELL的旅程。
追捕过程中，负责SHELL事件的调查官BOILED受到狙杀。了解如何使用力量，却又因自己仅仅是作为工具存在而感到卑微的Ufucock，她的纤细温柔触动了巴洛特，紧闭的心扉开始破茧而出，但其中的得失又会是些什么？